掃描不是完全空白的文件時，是否開啟了「自動刪除掃描影像中的空白頁」設定？

若勾選了 [移除空白頁] 核取方塊，有些頁面即使不是空白頁也會被刪除。

在 [個人設定] 的 [掃描] 中清除 [移除空白頁] 核取方塊。