同時に複数台のScanSnapでセットアップを行いませんでしたか？

再度1台ずつセットアップを行ってください。

セットアップウィザードを表示するには、「ファイル一覧」画面または ScanSnap Sync 機能使用中のフォルダー画面で、［設定］ボタン（iPhone / iPod touch の場合は ）をタップして表示される「設定」画面で、「セットアップウィザード」をタップします。